After Effects был изначально сделан Company of Science and Art в Провиденсе, США. Версия 1.0 была выпущена в январе 1993 года. В версии 2.1, выпущенной в 1994 году, появилось ускорение в версиях для PowerPC. CoSA вместе с программой After Effects были куплены корпорацией Aldus в июле 1993 года; а затем уже Adobe приобрела Aldus в 1994 году, а с ним PageMaker и After Effects. Первый новый релиз от Adobe был версией 3.0.

В версии CS4 был добавлен фильтр мультипликации Cartoon, расширены возможности инструмента Shape Layers, который предназначен для рисования и анимации векторных кривых с возможностью добавления и анимации штрихов, заливок, градиентов и векторных эффектов; добавлена возможность конвертировать текст в shape paths или mask paths, поддержка Adobe Pixel Bender, более 250 анимированных текстовых пресетов, возможность отображения зон безопасности 4:3 в широкоэкранных композициях, поддержка сервиса Adobe Community Help.